多态VNTR的序列分型
多态VNTR的序列分型
可变数目串联重复序列（VNTR）因其高突变率而闻名，因此被广泛用于亚型分析。但是，某些VNTR只在其单个重复序列中表现出多态性。通过对多态重复序列进行测序，可以为每个确定的新重复变异指定一个唯一的重复代码。选定菌株的重复序列编号的排列决定了该菌株的VNTR类型。
已经在各种传染性细菌中探索了多态性VNTR区，以便在医院和暴发场所快速、便携且廉价地进行亚型分析。毫无疑问，最著名的例子是spa分型，它广泛用于金黄色葡萄球菌的亚型分型。由于spa分型在标准化、服务器同步和各种其他设置方面的特殊性，因此BioNumerics中提供了单独的spa分型插件。
下面是金黄色葡萄球菌多态VNTR dru分型的示例。
Bionumerics中多态VNTR分型分析
该插件提供与spa分型插件相同的功能。但是，尽管spa分型插件是为使用标准化工作流程进行常规分析而设计的，但多态VNTR分型插件却是一种研究工具，它允许（并要求）用户定义各种设置。其中包括VNTR的名称、开始和停止剪切位置，以及重复和重复排列（基于文件或URL）的定义。可以以组合方式为同一生物定义、比较和分析多个多态性VNTR。
从原始测序跟踪文件的导入到重复代码和重复排列号类型的分配，BioNumerics提供了一个完全自动化的工作流程。工作流程中的所有问题或警告都会报告，只需单击鼠标即可解决。BioNumerics可以自动将重复和重复排列号类型签名与服务器（如果已定义）同步。或者在研究阶段，用户可以手动添加类型。
此外，BioNumerics提供了一个丰富的数据库和分析平台，可以将多个多态性VNTR序列类型数据集进行比较、聚类和分析，或者与其他子类型数据（例如MLST，PFGE和任何其他表型，基因型，流行病学和地理数据）一起进行比较、聚类和分析。
BioNumerics多态VNTR分型插件已用于开发多种基于VNTR的分型技术，例如艰难梭菌（Clostridium difficile）的TR6和TR10分型（参见BMC Microbiology 2009，9：6）和金黄色葡萄球菌（staphylococcus aureus）的dru分型。
简易的数据库设置
安装插件时，BioNumerics允许您定义要使用的VNTR，每个VNTR的剪切位置、数据库字段，拼接的设置以及可选的重复或重复排列类型的文件或服务器URL：
l 分别为VNTR序列和重复序列创建了序列和字符实验。
l 开始和停止剪切位置存储在拼接模板中，但用户可以在适当的时候进行更改。
l 如果上载服务器需要，则可以应用碱基识别质量控制设置（基于PHRED）。
l 为重复排列和VNTR类型创建信息字段。
l 如果服务器的URL更改，则用户可以随时定义和更改重复序列和类型的服务器URL。
l 该软件会在安装时以及在用户要求的任何时候自动下载重复序列和类型的定义。
全自动的工作流程
l 自动从各种来源（AB，Beckman，Amersham，FASTA）批量导入和拼接测序跟踪文件；使用解析定义将文件名解析为菌株和基因信息。
l 使用开始和停止签名自动剪切一致性序列，并按正确的方向放置。
l 批量拼接完成后，将显示概述报告，列出每种菌株/基因组合的状态。
l 双击问题重叠群以显示详细信息窗口。
l 双击一个特定的问题以选择问题
l 位置打开拼接窗口。
l 对于每个未知或问题的重复序列，显示最接近的现有重复序列和碱基的差异-使用色谱图轻松验证。
l 使用同步数据库，可以将重复排列类型立即识别为VNTR类型。
l 对于新的（不存在）重复序列，用户可以手动定义类型。
l 使用DSI比对模型和最小生成树或系统发育聚类方法，在当今最精细、最全面的聚类分析应用程序中计算种群建模网络。
l 计算和显示克隆复合体的分区，并使用BioNumerics丰富的统计工具集。
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