内转录间隔区系统发育分型
内转录间隔区系统发育分型
内转录间隔区（ITS）是核糖体转录的区域，在成熟过程中会被切除并降解。它们的序列通常比核糖体序列显示出更多的变异，从而使其广泛用于系统发育分析和/或鉴定物种和菌株。尤其对于真菌而言，这是一种广泛使用的鉴定技术，因为基于形态特征进行鉴定很费力，而且通常不会得到正确的结果。所使用的区域通常是ITS和核糖体序列的组合，并且通常由（部分）18S rRNA序列（原核生物为16S rRNA）、内转录间隔区（ITS1）、5.8s rRNA的整个序列、内转录间隔区（ITS2）和28s rRNA的（部分）序列组成。在公共数据库（例如NCBI和EBI）上可以找到许多ITS序列。
Bionumerics软件中ITS的分析流程
在BioNumerics中，可以使用批处理序列拼接插件从跟踪文件中批量导入ITS序列。可以从公共数据库和/或fasta或GenBank文件中导入参考序列。
Needleman-Wunsch，Wilbur-Lipman和Bionumerics的专有算法可以使用多种算法对序列进行多重序列比对。可以人工调整比对参数设置。基于多重序列比对，可以进行聚类以反映所分析序列之间的系统发育关系。
当比较大量序列时，UPGMA或邻位相邻的树状图不能很好地概述数据。在这些情况下，无根树提供了更好的解决方案，在BioNumerics中，可以从序列数据开始计算最小生成树、最大似然树和最大简约树。可以为数据定义不同的组，这些组在树中可视化展示，从而很好地概述了系统发育关系、数据库中存在的聚类以及异常值。下图显示了基于ITS序列的最小生成树，各组代表不同的属。
ITS序列还可用于根据数据库识别未知生物。 使用分类鉴定模块，用户可以创建包含已识别菌株的识别项目，并使用这些项目来识别未知菌株，将基于相似度以及评分的可靠性来分配得分。用户可以完全自定义用于比较的参数和用于鉴定的临界值。
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