使用BioNumerics软件批量下载基因序列
使用BioNumerics软件批量下载NCBI中基因序列
大家可能曾经都被如何批量下载NCBI中的数据所困扰，在NCBI的网站上苦苦搜寻，但是无从下手。本文将介绍如何通过BioNumerics软件实现基因序列的批量下载。
首先登陆NCBI的Nucleotide数据库https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore
输入要检索的基因名字，如mcr-1，点击“search”进行搜索（图 1）。
检索结果页面左侧可以设置过滤条件（图中红框标识区域，此处不做详细叙述，图 2），为方便演示，此处我们勾选检索结果的前4个进行后续操作（图 3）。勾选完成后，点击右上角的“Send to”，展开菜单项中的Choose destination中勾选File，Format选择Accession List，完成后点击Create file（图 4），浏览器会自动下载一个.seq格式的文本文件，即所勾选检索结果的Accession号，保存备用。
二、BioNumerics批量下载兴趣基因序列
1.新建数据库
首先打开BioNumerics软件 ，点击按钮创建新数据库（图 5），对数据库命名后按照默认选项依次点击“下一步”
直到弹出插件窗口后点击“Proceed”进入数据库主界面（图 6）
2.创建序列实验类型
实验类型面板中点击
创建实验类型（图 7），在弹出的窗口中选择序列类型实验（图 8）
然后对序列类型实验进行命名，并点击“下一步”
图 9
弹出的窗口中根据实际情况选择核酸序列还是氨基酸序列，并点击“完成”（图 10）
3.文件的准备
打开从NCBI获取的Accession List文件，新建一个Excel文件将Accession复制到表格中，整理成类似图 11中所示
4.Excel文件导入
数据库主界面左上角点击
进行Excel文件导入，数据导入窗口选择“条目信息数据”中的“导入字段（Excel文件）”（图 12）
弹出的窗口中点击“浏览”找到准备的Excel文件，选择对应的数据源，并点击“下一步”（图 13）
此时弹出导入模块窗口，点击“Key”并选择编辑目标，弹出的窗口中和Key进行关联（图 14）
然后选择“Accession”点击编辑目标后。选择条目信息字段中的“创建新”（图 15）
此时会弹出提示窗口，点击“是”
然后依次点击“下一步”和“完成”，然后对导入模板进行命名（图 17）
然后依次点击“下一步”和“完成“，即导入了Excel文件。
图 18
5.从互联网下载序列
勾选导入的条目，点击文件导入图标
，在“序列类型数据”中选择“从互联网下载序列”（图 19）
弹出的窗口中选择“首选的下载网站”，并在下方下拉框中选择“Accession”并点击“抓取”，此时会在访问码中出现导入的Accession号，然后点击“下一步”（图 20）
等待一段时间后出现序列预览窗口，点击“下一步”,在导入模板选择窗口选择创建新的导入模板（图 21）
在导入规则中选中“命名”一行，点击“编辑目标”和条目信息字段中的“Accession”进行关联 （图 22）
关联完后点击“编辑解析”，在“数据解析字符串”中的[DATA]前加上* _ ，然后点击“是”，再点击“下一步”，在导入链接窗口中勾选“Accession”，然后点击完成，再对导入模板进行命名后选择该模板进行序列下载。
图 23
图 24
图 25
序列下载完即可在数据库主界面看到以绿点显示的序列数据（图 26），点击绿点即可看序列查看器中查看序列（图 27）
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